Plusieurs limites méthodologiques spécifiques affectent l’essai contrôlé randomisé lorsqu’il est appliqué à la psychothérapie de l’enfant. D’abord, l’insu, pierre angulaire de la méthode contre les biais de mesure, est structurellement impossible en psychothérapie : ni l’enfant ou l’adolescent, ni ses parents, ni le thérapeute n’ignorent le traitement administré, ce qui invalide au sens strict l’application du design randomisé en double aveugle contre placebo hérité de la pharmacologie. Ensuite, la manualisation, nécessaire pour répliquer le « traitement » d’un essai à l’autre, tend à appauvrir et à figer la dimension relationnelle et intersubjective de la psychothérapie, et favorise structurellement les approches les plus aisément protocolisables — thérapies cognitivo-comportementales courtes et ciblées sur un symptôme — par rapport aux approches dont l’efficacité tient précisément à leur adaptation continue à la singularité de l’enfant : psychothérapies psychodynamiques, psychothérapie institutionnelle, psychodrame analytique, mais aussi approches intégratives et développementales comme la méthode des 3i, qui reposent toutes sur un ajustement fin et continu à l’enfant plutôt que sur l’application d’un protocole figé.
Les catégories du DSM et de la CIM utilisées pour constituer les cohortes d’essais sont elles-mêmes construites par consensus d’experts sur la base de clusters de symptômes observables, non sur la base de mécanismes étiopathogéniques validés. Il en résulte une hétérogénéité considérable à l’intérieur d’un même diagnostic pédiatrique, et la comorbidité — la règle plutôt que l’exception en clinique réelle de l’enfant et de l’adolescent — est généralement un critère d’exclusion dans les essais contrôlés randomisés. Les cohortes d’essais en pédopsychiatrie sont ainsi doublement non représentatives : elles regroupent des entités cliniquement hétérogènes sous un même label, et elles excluent les enfants et les adolescents comorbides, en situation de précarité, ou dont les familles sont peu disponibles pour un protocole de recherche contraignant — c’est-à-dire une large partie de la patientèle réelle de la pédopsychiatrie publique.
